与此同时，拉玛群岛邦联贸易协会将东方航线占为己有，对贸易和渔业形成垄断，对玛尼布尔斯王国形成了实际性的威胁。
在谈判破裂后，这使战争已不可避免。
第三纪元1577年9月11日，出乎所有人的意料，刚刚成为玛尼布尔斯王国海务大臣还不到一年的弗雷德毅然决然地加入家乡的反叛军，成为塞纳公国以及拉玛群岛自由联盟舰队的总司令。
在第三纪元1577年至1580年爆发的“公国邦联”战争中，弗雷德指挥二级风帆战列舰‘铁穹巨像’号以及所属自由联盟舰队，在长滩礁、美人湾、沉船港等一系列对抗玛尼布尔斯皇家海军的海战中以少胜多，将他曾经的老师、同学以及学生打得落花流水。
另外，他善待俘虏和拯救敌对落水者的行为令其人格魅力在这场内战中表现的淋漓尽致。
尽管弗雷德依靠个人才华在军事上取得了许多的战术胜利，但迫以目光短浅又畏首畏尾的弗瑞·赞林亲王的犹豫不决，弗雷德还是没能达到战前制定的速胜的目的。
战争进入胶着状态，最终变成旷日持久的消耗战，对于岛国又资源有限的塞纳公国来说是极为不利的。
最后在双方都付出惨重代价后，重新回到谈判桌。
为了尽快结束内战，罗莎琳德女皇做出了很多匪夷所思的让步，她特赦了弗雷德，对其他参与叛乱的王公也既往不咎，停战协定很快就在谈判的第三天签订。
第三纪元1580年11月7日，弗雷德被召回王城，重新担任海务大臣，爵位也从子爵提升为伯爵，开始着手重组海军。
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